Até a III Bienal, ENCAC´2003, realizada em Curitiba, a escolha do tema era feita no âmbito do Comitê Permanente da Bienal.
A partir da IV Bienal, ENCAC´2005, realizada em Maceió, o tema foi definido por meio de consulta e votação no contexto da Lista de Professores de Conforto.
Com a reconstrução do site da Bienal por ocasião da IX edição, a votação passou a ser realizada online através de um questionário.
Na XII edição, como era feito no início, o Comitê Permanente definiu o contexto do referencial temático, considerando o conjunto de temas propostos na Lista de Conforto e a atual situação mundial de Pandemia devido a COVID-19.
Para a XIV edição, a Coordenação Geral da Bienal, em conjunto com a Coordenação local definiu o tema a partir de sugestões levantadas na lista de Conforto da ANTAC.
Os temas das bienais já realizadas encontram-se listados abaixo:
I Bienal – 1999 – Habitação de Interesse Social
II Bienal – 2001 – Arquitetura Bioclimática Escolar
III Bienal – 2003 – Centro de Comércio e Serviços
IV Bienal – 2005 – Edifício Bioclimático para Hospedagem
V Bienal – 2007 – Habitação Multifamiliar Bioclimática
VI Bienal – 2009 – Centro Cultural
VII Bienal – 2011 – Habitação Multifamiliar
VIII Bienal – 2013 – Biblioteca
IX Bienal – 2015 – Abrigos de Emergência
X Bienal – 2017 – Edifícios Verticais de Uso Misto
XI Bienal – 2019 – Estabelecimentos de Saúde
XII Bienal – 2021 – Habitat “sustentável, saudável, flexível e adaptável”
XIII Bienal – 2023 – Projeto integrado de uma quadra/setor de um campus universitário
XIV Bienal – 2025 – Centro de Experiências-Vivenciais para Interação Intergeracional – um Centro-Dia para Idosos e Crianças